Президиум ВЦИК 25 мая 1925 года утвердил образование Сибирского края с разделением его на округа. Вместо прежних 838 волостей было создано 245 районов, в том числе и Бердский район. В это же время началось создание сети судебных участков по принципу: один участок – один район. На первом Сибирском съезде работников юстиции в 1927 году отмечалось, что судебные участки уже имеются практически во всех районых. Именно к 1927 году Государственный архив Новосибирской области относит создание судебного участка в Бердске.

В 1930 году в связи с решениями 16-го партсъезда окружная система была ликвидирована, но продолжалась последовательная работа по укреплению районного звена. В ходе этой работы некоторые районы были ликвидированы. Постановлением ВЦИК от 1 октября 1933 года ликвидирован Бердский район. 10 сельсоветов были переданы в Черепановский район, а дачный поселок Бердск, переименованный в рабочий поселок 1 июня 1934 года, 11 сельсоветов и р.п.Искитим были подчинены Новосибирскому горсовету. В 1939 году был создан Новосибирский сельский район, и р.п. Бердск вошел в его состав. В годы Великой Отечественной войны в Бердске получило развитие промышленное производство, и Указом Президиума Верховного Совета РСФСР от 9 февраля 1944 года р.п.Бердск был преобразован в город областного подчинения.

В архиве Бердского суда сохранились подлинники приговоров, начиная с 1942 года. До марта 1944 года суд именуется как «нарсуд 3-го участка Новосибирского района», а с марта 1944 года – народный суд г.Бердска.

С конца сороковых годов прошлого века суд располагался в деревянном двухэтажном здании, там же находилась юридическая консультация и судебный исполнитель. Во второй половине 50-х годов территория старого Бердска была затоплена, суд, как и многие другие здания старого Бердска, был перенесен на новое место и находился по адресу ул. Островского, 64. С 1992 года Бердский городской суд располагается в новом, типовом здании по адресу г.Бердск, ул.Ленина, 45.

В 1955 году председателем суда был избран Михаил Самойлович Глазатов. Он возглавлял работу суда до ухода на пенсию в 1976 году. Затем с 1976 года по 1987 год председателем суда был Беликов Иван Егорович, заслуженный юрист РСФСР, с ноября 1987 года по декабрь 2000 года – Горбов Анатолий Алексеевич. С 2001 года по 01 ноября 2013 года председателем суда был Верховский Владимир Алексеевич, с 12 июля 2014 года по 20 ноября 2023 года председателем суда был Яковинов Павел Валерьевич. С 14 ноября 2024 года председателем Бердского городского суда является Лихницкая Оксана Вячеславовна.